To ΔΠΜΣ διοικείται από την Ειδική Διατμηματική Επιτροπή (ΕΔΕ), Η ΕΔΕ είναι επταμελής και συγκροτείται από πέντε μέλη ΔΕΠ, που ορίζονται από τις συμμετέχουσες Σχολές για διετή θητεία, και δύο εκπροσώπους των φοιτητών, που εκλέγονται από τους φοιτητές του ΔΠΜΣ με ετήσια θητεία. Ο εκάστοτε Διευθυντής του ΔΠΜΣ με απόφαση της ΕΔΕ.
Αρμόδια για την παρακολούθηση και το συντονισμό της λειτουργίας του ΔΠΜΣ είναι η Συντονιστική Επιτροπή (ΣΕ).
Από την ίδρυση του ΔΠΜΣ (1998) μέχρι και τον Αύγουστο του 2011, Διευθυντής του ΔΠΜΣ ήταν ο Καθηγητής Ν. Μαρκάτος, συνιδρυτής μαζί με τον Καθηγητή Γ. Τσαμασφύρο, του ΔΠΜΣ "Υπολογιστική Μηχανική". Ομότιμοι πλέον Καθηγητές του ΕΜΠ, οι Ν. Μαρκάτος και Γ. Τσαμασφύρος εξακολουθούν να προσφέρουν τις υπηρεσίες τους στο ΔΠΜΣ ως διδάσκοντες. Από το Σεπτέμβριο του 2011 έως τον Αύγουστο του 2018, Διευθυντής του ΔΠΜΣ ήταν ο Καθηγητής Α. Μπουντουβής, νυν Πρύτανης του ΕΜΠ. Από τον Οκτώβριο 2018 μέχρι και σήμερα, Διευθυντής του ΔΠΜΣ είναι ο Καθηγητής Χ. Κυρανούδης.
Καθηγητής, Σχολή Χημικών Μηχανικών
Καθηγητής, Σχολή Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Φυσικών Επιστημών
Καθηγητής, Σχολή Χημικών Μηχανικών
Καθηγητής, Σχολή Μηχανολόγων Μηχανικών
Αναπληρωτής Καθηγητής, Σχολή Πολιτικών Μηχανικών
Καθηγητής, Σχολή Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Φυσικών Επιστημών
Καθηγητής, Σχολή Ναυπηγών Μηχανολόγων Μηχανικών
Εκκρεμεί η εκλογή των δύο εκπροσώπων ΜΦ.
Καθηγητής, Σχολή Ναυπηγών Μηχανολόγων Μηχανικών
Καθηγητής, Σχολή Χημικών Μηχανικών
Καθηγητής, Σχολή Μηχανολόγων Μηχανικών
Αναπληρωτής Καθηγητής, Σχολή Πολιτικών Μηχανικών
Καθηγητής, Σχολή Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Φυσικών Επιστημών